Всего в современной Японии выделяют тринадцать школ и пятьдесят шесть подшкол, этот перечень был составлен в конце XIX века (в эпоху Мэйдзи) в результате государственного упорядочения системы храмов и монастырей и отделения синто от буддизма.
В число тринадцати школ входят: Хоссо-сю (яп. 法相宗 — философская школа традиции йогачаров, появилась в период Нара; Кэгон-сю (яп. 華厳宗 — философская школа, рассматривающая мир феноменов как единое целое, происходит от одноимённой китайской школы Хуаянь, появилась в период Нара; Риссю (яп. 律宗 — монашеская школа винаи, появилась в период Нара; Сингон-сю (яп. 真言宗 — тантрическая школа. Риндзай-сю (яп. 臨済宗 — самая старая дзэновская школа, особенно популярная среди самураев, делится на множество подшкол, Сото-сю (яп. 曹洞宗 — дзэновская школа, популярная среди более широких масс, Обаку-сю (яп. 黄檗宗 — синкретическая школа, сочетающая дзэн и амидаизм, Тэндай-сю (яп. 天台宗 — сложная школа,переводится как "опора небес", долгое время лидирующая при дворе, известная также участием в бурных вооружённых конфликтах, сочетающая элементы многих учений и элементы тантризма, дала начало амидаистским школам и Нитирэн-сю, Юдзу-нэмбуцу-сю (яп. 融通念仏宗 — школа, выросшая из Тэндай-сю, делающая упор на амидаизм, Дзёдо-сю (яп. 浄土宗 — самая старая амидаистская школа, Дзёдо-синсю- (яп. 浄土真宗 — наиболее популярная амидаистская школа, Дзисю (яп. 時宗 -амидаистская школа, выросшая из Дзёдо-сю, Нитирэн-сю (яп. 日蓮宗 — школа Лотосовой Сутры, выросшая из Тэндай-сю, очень социально активная, разделённая на много подшкол.
Исторически существовали ещё и другие школы, которые не были признаны официально или представляются теперь через храмы основных школ. Кроме того в последнее время возникло немало новых околобуддийских школ и течений, в том числе нью-эйджевских и синкретических
— философская школа традиции йогачаров, появилась в период Нара;